Vào năm 2029, các nguyên tố hóa học như oxy, carbon, vàng, molypden và coban liên tục biến mất khỏi Trái đất. Những yếu tố biến mất này cuối cùng đã phá vỡ môi trường và dẫn đến sự phá hủy nhiều ngôi nhà, thành phố và thậm chí toàn bộ quốc gia. Các nhà nghiên cứu phát hiện ra rằng các nguyên tố biến mất đã chảy vào một hành tinh tên là Trái đất Nega, nằm ở một chiều không gian khác. Quá trình phi vật chất hóa phần tử đang diễn ra nhanh chóng; do đó, để cứu Trái đất, ba thiếu niên đặc biệt được chính phủ thuộc địa không gian chọn đã thành lập Thợ săn nguyên tố. Công việc của họ là tự di chuyển đến Nega-Earth để chiến đấu với những con quái vật được gọi là Q-EXes và lấy lại những nguyên tố bị mất. Tuy nhiên, vì mối quan tâm của riêng mình, Ren, Chiara và Homi, ba học sinh trung học bình thường đến từ Trái đất, đã tập hợp lại để trở thành Thợ săn nguyên tố. Với sự giúp đỡ của Giáo sư Aimee Carr và Juno, họ có thể cứu hành tinh của chính mình.