조용히 사는 것이 소원인 중학생 토모키는 어린 시절부터 얼굴이 흐릿한 소녀의 꿈을 반복해서 꾼다. 어느 밤 하늘에서 떨어진 날개 달린 소녀 이카로스를 만나면서, 대수롭지 않게 넘겼던 꿈과 평범한 생활이 함께 흔들린다. 자신을 엔젤로이드라고 소개한 이카로스는 토모키를 주인으로 정하고, 그의 말을 따르며 소원을 이루어 주려 한다. 그 능력을 제멋대로 쓰려는 토모키의 욕심은 소꿉친구 소하라와 별난 학교 선배들까지 끌어들여 예상 못 한 소동을 만든다. 다른 엔젤로이드들이 나타나고 하늘 너머 세계의 사정이 드러날수록, 함께하는 일상에는 웃고 넘길 수 없는 위험도 찾아든다. 명령에 익숙한 소녀들과 살아가는 토모키에게 필요한 것은 마음대로 부릴 힘일까, 서로의 마음을 이해할 용기일까?