Als der Oberschüler Kei Nagai einen eigentlich tödlichen Unfall unbeschadet überlebt, erkennt er schockiert, dass er ein unsterbliches Wesen – ein sogenannter Ajin – ist. Auf der Flucht vor der Regierung, die grausame Experimente an ihm durchführen will, schließt er sich mit seinem treuen Kindheitsfreund Kaito zusammen.